في عام 1968م أنشأت مجموعة من العلماء المعهد الإسلامي الإفريقي بجهد شعبي وبدأ المعهد يستقبل الطلاب من إفريقيا علي مستوى المرحلة المتوسطة والثانوية، توقف هذا المشروع بعد عامين فقط.
عادت حكومة السودان فأحيت الفكرة وقررت أن تنشئ المركز على أساس أوسع، وبعد اتصالات استجابت للفكرة كل من دولة مصر والسعودية والكويت وليبيا وتلتها قطر والإمارات والمغرب وانتدبت ممثليها لمجلس أمناء المركز الإسلامي الإفريقي وهي السلطة العليا والموجهة.
نسبة لتزايد الإقبال علي التعليم العالي وضيق الفرص المتاحة للطلاب من إفريقيا قررت حكومة السودان في عام 1411هـ ما يلي :
تطوير المركز الإسلامي إلى جامعة إفريقيا العالمية.
فتح باب المساهمة في مجلس الأمناء للدول الراغبة وللمؤسسات الخيرية القادرة بالإضافة للحكومات المؤسسة للمركز الإسلامي الإفريقي.
منح الجامعة كل الامتيازات المنصوص عليها في اتفاقية المقر بين السودان والمركز الإسلامي الإفريقي.
